1、招投标法规定的必须招标的工程的补充合同签订，应注意避免出现黑白合同的现象；如符合对实质性内容进行变更时，签订的补充合同必须到政府主管部门进行备案。
2、在标准文本中，已约定的如工期、取费标准等无须再重复约定，防止两者之间发生冲突，除非是为了修改已约定的内容。
3、无须将标准文本中的通用条款等在补充协议或补充条款中再行重复约定；有的补充条款内容远远超过标准文本内容，除非约定标准文本不再适用，均以补充协议内容为准。但补充协议因成为“补充”，应直接改为施工合同。
4、改变标准文本中内容约定时，应在补充条款中说明，否则易造成标准文本与补充协议可同时适用的情形。
5、补充协议或条款一般应为原标准文本中没有适当条款约定或需要改变标准文本内容。
6、有多个补充协议时，应注意多个补充协议前后区分，注意签订日期等细节。

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